奕譞把果兴阿劫夺肃顺这个坏消息带回北京之前，皇太后和恭亲王已经忙的脚不沾地了，因为摆在他们面前摆着组成一套新的政府班子这个当务之急。 他们得完成对权力的重新分配，并且及时接收八大臣的权力，以免形成权力真空。
顾命八大臣全部去职，军机处原来的五个组成人员，除了一个祥外，有四个在顾命大臣之列，所以作为央政府的行政枢，此时的军机处事实已经瘫痪。当然人事安排的根本原则是早定了的，那是这个新政府班子必须是以恭亲王为首的，这也是慈禧太后与恭亲王之间的“
易”所在——恭王既已实现诺言，全力将顾命八大臣以及他们所代表的制度推翻，把两宫太后扶垂帘听政的宝座。现在“革命成功”了，该两宫皇太后来兑现自己的承诺了。因此恭亲王无可争议的成为了新政府的首脑，也是俗称的“军机领班”但光是个“军机领班”也还不足以“酬庸”他的劳绩，于是又想出个名目，那是“加授议政王”以示皇太后皇帝对恭亲王的“倚重之深”
为什么不直接封个“摄政王”呢？因为大清世祖章皇帝顺治即位之初，他的十四叔多尔衮封的是摄政王，后来还嫌不过瘾，干脆来了个“皇父摄政王”奕欣没当摄政王有两个原因，第一个原因正是考虑到多尔衮的前车之鉴，多尔衮虽然权倾一时，是个真正的“无冕之皇”但其身后的下场却实在不太好。他刚死的时候甚至被追尊为“成宗义皇帝”可是仅仅一个月后，他遭到顺治皇帝的彻底“清算”——不但废黜刚给他的皇帝尊号（含庙号、谥号），还被削去原有睿亲王的封爵，甚至黜去爱新觉罗的宗籍，贬为庶人。直到乾隆年间，才被部分“平反”有这样一个“摄政王”的先例在，恭亲王自己无论如何不会对“摄政王”三个字感兴趣。还有一个原因“摄”者“代”也，摄政王是代行天子之权。如今皇太后既然临朝听政，代行天子之权的自然是皇太后了，因此恭亲王也只能“议政”不能摄政。
不过此时两宫皇太后、尤其是慈禧太后，对朝廷的人事并不熟悉，几乎是“睁眼瞎”想
手也无从下手。
朝武谁的资历背景怎样，谁的德行才能怎样，她都不了解。内阁奉谕所宣布的这个军机处新班子组成名单，完全是由恭亲王一手拟定的。分别是加授议政王在军机处行走，和硕恭亲王奕訢、太子太保华殿大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝鋆、户部左侍郎祥、鸿胪寺少卿曹毓瑛，一直蹦达的很
实的周祖培，因为根本不是奕欣的人马，被排除在了名单之外。慈禧太后对这个名单很不满意，不过也是没有办法，总不能把肃顺再
回来。因为这六个人，把恭亲王除外，起码有四个人一眼能看出与恭王的密切关系。首先打头一个的华殿大学士桂良，他是恭亲王的老丈人。唯一一个由“旧班子”留任的祥，则跟桂良同旗同族。祥虽然也是旗人极其少见的能员，但此时受到重用，却一定是出于桂良的引荐无疑，而且对付果兴阿的主意都是他出的，明显早和恭亲王有默契。再一个宝鋆，这个人好像没什么本事，但他跟恭王的私非常的好，好到可以在大庭广众之下随便开玩笑的地步。至于曹毓瑛，还在承德当军机章京的时候，与恭王有机密书信往来，为政变的成功立下汗马功劳，明显是奕欣安排在军机处的卧底。此时恭王论功行赏，让他取代原来“肃
”的焦佑瀛，成了“打帘子军机”最后剩下一个沈兆霖，身份还算是较“立”的，不过背地里是不是奕欣的人也很不好说。奕譞把果兴阿搀和进来的消息带回了北京之后，两宫和奕欣还真慌乱了一阵，但也很快稳了下来。等慈禧和奕欣对如何应该果兴阿已经有了成算，立即便以迅雷不及掩耳之势，开始了对七个“阶下囚”和一个在逃犯的彻底清算，一点也不拖泥带水。咸丰十一年十月初二
，肃顺还和果兴阿在河西务矫情的时候，慈禧和奕欣便谕令热河都统
佑，将肃顺在热河的财产“密速查抄”“毋令稍有隐匿”同时再传谕将肃顺“在京家产，著即派西拉布前往查抄，毋令稍有隐匿”这还只是第一步。第二天，由内阁牵头，恭亲王亲自主持，召集六部、九卿、翰、詹、科、道，在宗人府开会讨论对顾命八臣的处置。载垣、端华、肃顺三人都系爱新觉罗家族的近支亲贵，也是“宗人”因此，若按律处置，这个会议应该有宗人府官员参加。但载垣被捕前是宗人府“宗令”也是皇族的族长，两宫和奕欣为“公正起见”所以未令宗人府与会。
由于要处置的毕竟是大行咸丰皇帝临终顾命之臣，因此几乎所有当朝重臣都参与了这个“历史
”的会议。惟其如此，定罪和处分也久议不决。主要大概有两种意见：一种意见是主张持重，这部分人有的是顾及祖制和大行皇帝遗命，因为无论八臣怎么跋扈，到底也是大行皇帝的托孤之臣。如今大行皇帝尸骨未寒，要杀托孤之臣，不但于心不忍，而且也显得继位的嗣君丝毫不给皇考大行皇帝留余地，不是为继者之道。有的则是念及为首的载垣、端华二人乃是世袭罔替的“铁帽子王”符合朝廷“议亲议贵”之条，况且清朝开国至今，还没有公开杀“铁帽子王”的先例。当然也有人颇能对肃顺看法持平，认为他虽然狂悖跋扈、目无人，但对朝廷的莫大贡献也是有目共睹的。尤其是他一手维持的、以曾国藩为统帅的湘军，刚刚从太平天国手里夺下长江第一重镇安庆。安庆是太平天国首都南京的最后一道屏障，夺回安庆，则打下南京也是指顾间的事了。此正当肃顺功劳彰显的时候，却被处以极刑，难免会让局外人想起“兔死狗烹、鸟尽弓藏”的话来。也说不定会寒了前方浴血奋战的湘军将领的心，再
出什么意想不到的变故，局面真的不好收拾了。而且要处置顾命大臣这样的重臣，不征求曾国藩等前方重要疆臣的意见，也实在很难说得过去。更要命的是这里面还搅和了一个果兴阿，固安军陈兵京畿，随时都有可能动武兵谏，处置肃顺也不得不考虑果兴阿的态度。当然这样的意见，此时也只是腹诽而已，当此情势，是无论如何不能拿到桌面去讲的，否则会有“附逆”之嫌。总之这部分人是主张从轻处罚的。还有一种意见则是主张对顾命八臣、尤其是对载垣、端华、肃顺三人，进行严厉处置。这部分人大多数是不
肃顺等人的跋扈，当然也有些人是揣摩到慈禧太后和恭亲王有必
置肃顺于死地的意思“闻风希旨”拍皇太后和恭亲王的马
，对肃顺落井下石。更有一种人是公报私仇的，肃顺为政的风格严厉，得罪了很多人。咸丰八年，肃顺处理“顺天科场舞弊案”时，曾经坚持杀了当时的渊阁大学士、军机大臣柏葰，柏葰的门生故吏众多，这些人当然对肃顺恨之入骨，如参加这个会议的刑部尚书赵光，是柏葰的门生。刑部掌管“秋曹”所以赵光的意见当然至关重要，他强硬坚持要杀掉肃顺，为他老师报仇的意思，几乎是尽人皆知的。而主持会议的恭亲王以及大多数王公大臣都并不反对，那些隐隐为肃顺抱屈的人，也无可奈何了。所以会议的结果，是给载垣、端华、肃顺三人拟了个凌迟处死的处分，也是老百姓通常说的“千刀万剐”其余景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛诸人，皆拟革职，并发往新疆效力赎罪。恭亲王将这次央政府各部门联席会议的结果奏后，两宫皇太后立即批准，并正式颁布谕，公告天下。因大清有一个不成的规矩，是历来臣下所拟的给犯罪大臣的处罚，都要最后该大臣所得到的实际处罚要重。以便于皇帝在做最终裁定的时候“充好人”来减刑，以示“皇恩浩
”而且“恩出自”对顾命八臣的处罚是玩的这个把戏，原来会议给载垣、端华、肃顺三人拟的都是凌迟处死，现在“加恩”改为载垣、端华自尽，肃顺斩立决。给景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛拟的都是发往新疆效力，现在也“加恩”改为景寿仅仅革职，仍留公爵和额驸品级。其余四人，也仅穆荫改为发往军台效力赎罪，其余三人均免其发遣。其实这道谕对八臣的处置，很有些门道，最倒霉的莫过于载垣、端华二人，他们本可以不死。因为这两人都是世袭罔替的铁帽子王，大清开国至今，还没有杀铁帽子王的先例，为“国体起见”也应该赦其死罪。而且端华直到被捕前都还兼着镶蓝旗的旗主，处置稍有纰漏，清朝统治的根基——
洲八旗都可能会有分裂之虞。但慈禧太后与恭亲王既执意要置肃顺于死地，不能不杀载垣、端华二人，因为在顾命八臣，他们的排名在肃顺之前，如果免了他二人的杀身之祸，肃顺也断无死理，所以载垣、端华二人实在是受了肃顺的拖累。还有一个既倒霉又幸运的人物，是景寿。说他倒霉，是因为他是个老实人，自己本没有什么主见，这个顾命大臣的职位，纯粹是被肃顺拉来凑数的，简直是个“冤大头”拉他凑数的目的，既是为了平衡近支宗室不在顾命之列的缺陷，又是为了掩盖肃顺独揽大权的事实，因为他是恭亲王同母的嫡亲妹夫。可以说当初他是糊里糊涂的当顾命大臣，现在又糊里糊涂的跟着受了处罚。但也正因为他是恭王妹夫的身份，所以相对来讲他也很幸运，因为慈禧太后与恭亲王自然会对他开一面，因此在八臣他所受的处罚最轻。
还有一个倒霉的，是位列军机大臣之首的兵部尚书穆荫了。此人为官颇为谨慎懦弱，但惟其谨慎懦弱，才以军机大臣领班的身份，被肃顺一路挟持。虽然谕也承认他是受到肃顺等人的“钳制”因而“有难于争衡之势”认为“其不能振作，尚有可原”但因他是军机大臣之首的身份，对肃顺的所作所为负有“不可推卸的责任”所以被发往军台效力赎罪。
顾命八大臣最幸运的一个，当数杜翰了。杜翰的才具并不在肃顺之下，在八大臣的实际地位也仅次于肃顺，肃顺的很多主张其实都出自他的谋划。按理他也应该是个“斩监候”的罪名，至少也应该是个充军的处分。但他的父亲是咸丰皇帝的师傅杜受田，所以在皇太后无论如何，都不能重惩于他。咸丰皇帝当年之所以能战胜六弟恭亲王登皇位，杜受田厥功至伟，所以咸丰皇帝待“杜师傅”极厚。如今在两宫太后、尤其是性格忠厚的慈安皇太后，念及“杜师傅”对大行皇帝的恩德，推恩及子，自然不忍治杜翰以重罪。而在恭亲王，为了避免给人以“打击其子以报复其父”的印象，自然也不敢重惩杜翰。所以杜受田泽及子孙，杜翰算是“不幸的万幸”了。
其实还有两个隐藏的幸运儿，是匡源和焦佑瀛。两人之所以获罪不重，仅只革职，并不是慈禧太后与恭亲王仁慈，而是多少沾了景寿、杜翰两人的光。因为如果要重治他们，则景寿与杜翰无论如何说不过去。
谕明发，公告天下，已经在押的七人立即执行，潜逃的肃顺则在捕获后再行正法。与八大臣的惩处一起发布的，还有对果兴阿的处置，果兴阿成了叛逆，固安军成了叛军。而且果兴阿的罪过八大臣还大，直接被定
成了造反。谕没有一句要果兴阿
途知返的话，反而要求各地兵马，立即剿灭固安军。