崇祯十六年七月，日本国内最大的反对派，起义军总领袖被天主教徒们称之为“天人”“天使”的天草四郎联合萨摩岛津以及日本国内各起义组织的首领，联合发布了“拥护天皇，打到幕府”的昭告。
倒幕组织提出了“还政天皇，仿明制建立政、军两院的构想”废除诸侯制度，废除苛捐杂税等等。
一场声势浩大，席卷整个日本的倒幕运动开始了！
由于事先实行了严格的保密，德川幕府根本就没有收到一点消息，等到事情已经不可逆转之时，各地反对幕府的队伍如雨后
笋一般涌出之时，本来兵力就捉襟见肘的德川幕府就更加难以为继。短短半个月，日本各地烽火爆发，许多小诸侯在措手不及之下被起义军打的打败，纷纷向幕府上书求救，幕府军大半与天草四郎对战，哪来的兵力去替他们四处救火？
而在这个时候，两支精锐的大军悄悄的踏上了征程，一路宋献策为主帅，赵率教为副帅，从济州岛出发，船舰两百余艘，除去海军舰队，登陆军三个辽东精锐师，海军陆战队一个旅，皇家特战旅一个大队，骑兵一个团共计四万余人，他们的目标是日本天皇所在地…京都。
另外一支舰队，洪承畴为主帅，南京军区副司令员熊兆琏为副帅，周文郁为总参谋长，率领船舰三百余艘，登陆部队六万余人，他们的目标是突袭江户港！
两支队伍的旗号都是打着受日本天皇的邀请进入日本平息叛
，帮助日本恢复和平，宋献策这一支是打着保护天皇的旗号，而洪承畴则打的是“推到幕府、恢复天皇统治”的旗号。八月初四，宋献策率领大军在日本福井西北部的若狭湾登陆，次
攻占舞鹤。三后大军兵临京都，京都的长住兵力只有不足两万人，而在几代幕府将军地努力下，日本天皇已经变成一个精神象征，虽然他还是日本的君主，但基本成为傀儡了。除了保卫皇宫的几千御林军外，京都的幕府的驻军根本不会听天皇的指挥，而大明地军队来的不仅太快，而且太猛，根本就不给京都守军一个反应的机会，大军就进入了日本政治文化，以及象征日本精神的中心，神圣之地。大明的海军可不比成吉思汗蒙古水师，为了今天这一仗，大明的海军可是做了几年的功课。情报收集，水文探测，若狭湾也只是备选登陆地点的其中一个，光是派遣进入京都的日本情报人员就有好几百，还有不少自己本身就是日本人。
占领京都后，宋献策先是下令解除了所有日本被俘军队的武器，并且颁布
止武器私藏地军令。全城收缴武器，但凡有不
出武器的日本武士，一旦查出，将会处以极刑，为了显示大明是来帮助日本天皇，回去其统治的诚意，宋献策保留了那所谓御林军的武器，不再收缴之列，其它只要是超过一定长度的刀具，都在收缴之列。在这个异域他国，决不能有半点仁慈之心，这会给自己带来巨大的伤害的，而反抗地武士宋献策都用雷霆手段给处决了，一时间，偌大的京都城居然找不到一个带刀的武士！战争爆发的实在是太突然了，日本国内根本就没有一丝一毫的准备，大明会在这个时候派遣了如此庞大的远征军进入日本，而且一进来，就以迅雷不及掩耳之势占领了天皇所在地京都。随着大批的武士被收缴了武器，反抗者遭到残酷的镇
，震惊了日本国内！占领京都之后，宋献策坐镇，赵率教则率领大军南下。所到之处。皆望风披靡，关西大部分城镇皆落入大明之手。而与天草四郎对战的日本幕府军队得知消息后，无心恋战，正面战场上被天草四郎的大军击败，形成溃败之势。
很快日本本州岛关西地区被大明、天草四郎和萨摩岛津三方联军占领，而四国则落入大明海军之手，联军颁布特别地土地法令，将大名和他们的家臣、武士的田产分给没有土地的穷人和百姓，并且减免一半的赋税，此举得到了占领区百姓的拥护，岛津家族和天草四郎的军队猛长，而大明则也得到了日本百姓的夹道
，很闷声的发了不少大财！日本最富庶的地方不在关西，也不在九州，更加不在四国，而是在关东，那里平原众多，土地肥沃，又是幕府统治地江户所在地，商贸繁荣，那里才是日本真正的权力中心。
“宋将军，京都是我们日本的国都，按照协议，你应该将它交给我们才是！”天草四郎迫不及待的想要将京都控制在自己手中，因为控制了京都，就等于控制了天皇，天皇在手，那自己就是正义的，挟天子以令诸侯嘛！
岛津家其实也想，可自己地老家还在大明地军队的威胁之下，因此岛津家可不敢正面地跟大明对上，就算他们现在实力大涨也不敢。
宋献策冷眼斜视，道：“京都是本将军打下来的，你们的天皇陛下也同意了本将军对京都的控制，并且将京都和皇室安全交给了本将军，按照我们的协议，谁占领的地方就暂时归谁统治，等推翻了幕府之后，再行商议，如果益田先生不想内讧的话，还请迅速组织你的军队，我们随时准备进攻！”
宋献策是不可能
出京都城的，因为日本在这一次战争后将会成为历史，这里将是大明的国土，天草四郎要是识时务的话，或许能博一场富贵，要是不上路子，野心太大的话，那只有死路一条了。另外一边，洪承畴攻打江户港出了些麻烦，毕竟钻到人家肚子里来了，被发现了，德川家光有了准备。
有了准备的仗就不那么好大了，好在很少有敌人能从海上突然进攻江户港。港口的防御设施连当初的那霸港口还稍嫌不如，就断德川家光紧急征召了数万士兵，其中还包括一万两千多的常备卫队。
德川家光还是蛮有军事头脑的，他知道大明来势汹汹，又都是装备
良，脆弱的岸防是挡不住大明海军犀利的火炮地轰炸的。最后只能白白牺牲，所以他干脆放弃了江户港的防守，而是收缩兵力，集中对江户城的防御。敌强我弱，兵力悬殊，将敌人放进来打，利用己方的地利、人和的优势抵消对方装备地优势，这无疑是最好的做法了，只可惜他碰到了洪承畴，更加没有想到的是。大明谋划日本已经不是一天两天的事情了，情报组织早已对江户城进行了长达数年的渗透，利用日本外藩与幕府之间的嫌隙，大明掌握了德川幕府几乎所有的军事部署以及官员情报，故而虽然德川家光加强了对江户城的防御，但在洪承畴眼里，这些不过是形同虚设。唯一能给大明军队造成威胁的也可能是日本军队那种悍不畏死的武士道精神了。
德川幕府统一了日本，却未能建立中央集权。实际上，它仅仅建立了一种双方共管体制：一方是以幕府首都江户为基地地幕府统治，另一方是各领地上自治的大名政权。换言之，是德川统治机构和地方藩国政权的混合政体。这一混合体与幕府政权的双重基础相一致。一方面，幕府拥有德川家族的领地，所谓的“天领”约占全国土地的四分之一，比任何封建家族拥有地土地都要多得多。“天领”均居于东日本海岸以及中部平原的战略要冲。这些土地半数由幕府机构直接管理，其余则分成小块交给德川家的“旗本”经营。棋本人数在五千人左右。此外，幕府首先要依靠二十家左右与德川家同族的豪族，或称“宗藩”他们有资格提出幕府将军继承人。其次是人数众多的较小领主，他们是在德川家康当将军前已忠诚于他的地方臣属。这些人构成所谓“谱代”或称“内藩”大名。
幕府力图通过联姻政策把各个大名与德川家族联系在一起。此外，大名必须在首都江户留有寓所，每六个月或一年搬迁一次，当他们回到自己的藩中时，要将家属留在京城做人质。这个所谓“参觐
代”制度的目的在于长期监视各地诸侯的行踪，阻止他们在各自地要
中采取任何妄动。这一体制依赖一个密布的告密者、监察员系统维系。该系统便是幕府的情报部门。幕府通过国内护照以及路卡严格控制交通要道。政府对海上运输制定法规，尤其止建造超过一定规模的船只。大名获准只能保留一个城堡，其武装扈从的数量由幕府官方名册规定。藩不必纳租赋，但在幕府出现额外开支时，应按要求纳贡赋。事实上。其真正权力小于名义上的主权。而且，两者之间的鸿沟还在与
俱增。德川幕府的缔造者德川家康在关原之战中打败了与之竞争的西南部军阀。但并未摧毁之。德川幕府治下的大名有二百五十至三百户之众，其中大约九层代表外藩。他们并非德川地旧部，其中不少人还与德川打过仗。外藩被视为幕府传统的、潜在的敌对势力，并被严格排斥在幕府政权之外。他们拥有面积最大、最富庶的领地：日本十六个最大的藩中至少有十一个是“外藩”这些藩均位于国家西南或东北部地边远地区。“外藩”占有全日本四成地土地。但是，事实上，他们的财富和实力比幕府地统计资料披
的官方数字要强大得多。而萨摩岛津就是其中之一，到倒幕运动之前，萨摩岛津已经拥有了将近两万多武士，这远远的超过了幕府对他的限制！而在倒幕运动中，许多地方大名投靠的对象也都是萨摩岛津，因为萨摩岛津才是他们利益的代言人，也许推翻了日本幕府之后，岛津家族上台之后，他们会获得更大的权益，而部分被杀的大名治下的地区多数投靠的是天草四郎，毕竟天草天草四郎有个神话的化身，不少人还怀念小西行长的时代，加上天草四郎身上还笼罩着一层神话色彩，许多日本人都相信他会是领导日本走向辉煌的伟大人物！
内藩和外藩的矛盾都在倒幕运动中
发出来，不服从德川幕府统治的外藩大名们希望能从倒幕运动中更进一步，甚至或许自己会是下一任幕府将军，就在他们开始行动起来的时候，一个震惊的消息传来，江户被大明远征军攻破了，德川幕府垮台了！为攻破江户城，洪承畴也费了不小的代价，最后几乎将江户城给炸平了，伤亡将近一万多人，才拿下了江户城，德川家培养的武士果然十分厉害，要有偷袭的忍者这些都是伤亡的主要原因，这一战下来，江户城几乎没有活下多人，不知道有多少人被埋在瓦砾之下，直到许多年后，人们在清理废墟重建之时，还能从地下不断的挖出白骨来！
就在天草四郎还幻想着自己将会成为日本主宰，成为比丰臣秀吉、织田信长更伟大的存在的时候，大明远征军已经完成了对日本精神圣地京都以及日本统治政治中心江户城的占领！
当日本皇太子绍仁指着宋献策的鼻子大骂大明背信弃义的时候。
宋献策非常平静的道：“我背信弃义又怎么了，反正历史都是由胜利者书写的，在史书里，将会是你们求着并入我大明，什么背信弃义的词都将不会出现！”
日本的精神象征明正天皇倒了，因为她已经无能为力了，因为她已经成为一个阶下囚，接下来的时光将会在那个遥远的国度里度过了，虽然那将也会是自己的国度。
天草四郎的军队在宋献策的眼力最多跟日本幕府的武士军队差不多，虽然装备了跟日本幕府差不多的武器，火
和大炮，但比起精锐的辽东军来说，那还差上一个档次，因此天草四郎反抗的话，迟早也会成为历史的。随着德川幕府的倒台，日本国内再没有一支可与大明抗衡的军队，控制了日本天皇之后，洪承畴迅速指挥大军开始对日本国内反对势力的征讨，只要是反抗者，皆悉数被残酷镇
，此战过后，除了那些见识的早的，知道抵抗是死路一条的投降派，日本国内几乎没有什么像样的诸侯势力了。次年，萨摩岛津宣布解散军队，投降，天草四郎即支持他的数万天主教徒拒不投降，全部被斩杀！至此，日本国亡！