朝庭不知道的是甘肃并没有全境落在唐军手里，此时嘉峪关还在官军手中，马维兴拿下兰州后停了下来，只是派出人员前往甘肃以西的永昌，山丹，甘州说降，这三处地方见事不可为，爽快的降了，唯有去嘉峪关的人毫无所获，反被守将扣住。
听到此事，唐军都义愤填膺，要求马维兴马上发兵，拿下嘉峪关，却被宋献策止住，嘉峪关是万里长城西端主宰，始建于明洪武五年(1372年)，从初建到筑成一座完整的关隘，经历了168年（1372－1539年）的时间，是明长城沿线九镇所辖千余个关隘中最雄险的一座。
嘉峪关自建以来，屡有战事。明正德年间的1515－1522年，吐鲁番
速尔兵数犯河西。当时嘉峪关只是座孤城，以致速尔兵两破关城，并屡掠附近诸部民众牛羊。直到1539年嘉峪关建成为一座完整的军事防御工程后，关城锁
边陲，又有明墙暗壁相合，才真正成为固若金汤的天下第一雄关。唐军在不到二十天的时间里拿下一省之地，许多地方都是主动投降，马维兴只留下小部兵马，大部份原明朝官员都得以留任，若有点风吹草动，恐怕许多地方都要反复，宋献策劝马维兴停下来，是怕嘉峪关的险峻，若是不能快速攻下，徒损士卒事小，惹得以前的地方反复事大，还是先把占领的地方巩固再说。
另一方面宋献策也在等待贺景的到来，现在的各种补给都已快跟不上了，贺景来后，补给也会跟着来到，唐王的犒赏也可以大大提升士气，对嘉峪关一座孤城，反而不用太放在心上，现在不能说降，等他们的补给没了，不降也不行。
嘉峪关的守将为林
瑞，林瑞原名烺，因避东宫太子慈烦讳，改名瑞，若历史没有改变，他会在崇祯十五年，升任甘肃巡抚、都察院右副都御史。崇祯十六年，贺景攻下兰州后，进遏甘州，围城半月，城破，在巷战中被俘，拒降。在崇祯十六年十二月被贺景凌迟处死。此时他却还只是一个都司，手下只有三千将士，但都是经久战阵的精锐之士，从林丹汗被皇太极击败，逃到青海以来，为了取得补给，林丹多次率军攻打嘉峪关，妄图攻破嘉峪关进入甘肃抢劫，最多时出动了二万人，都被林
瑞依托坚城，粉碎了林丹的梦想，据说林丹是忧愤而死，除了不能打败皇太极外，恐怕在只有三千人的城下屡次吃瘪也不无关系。马维兴派出去劝降的是原甘肃的总兵杨麒，马维兴兵围兰州后，董学礼进城劝降，杨麒亲手将肃王府的人捆绑后献城，得到马维兴的夸赞，这次在他看来，说降一个小小的都司，易如反掌。
林
瑞一见杨麒，就想将他杀了，身为朝庭的总兵，城中尚有一万多人，未出一兵一卒抵抗，还把肃王捆绑献给唐军，如此不忠不义之人，留下世上有何用，杨麒大为恐惧，他本来就怕死才会投降，没想到这个低自己数级，以前在自己面前连座位都没有的人不但对他破口大骂，还想杀他，杨麒苦苦求饶，林瑞的副手郭天吉看不过去，劝道：“大人，此等人杀之有污刀斧，不如暂且监
，等叛军来攻时，再在两军阵前用来祭旗。”林
瑞想了想，倒也不忙先杀他，到时等唐军来了，在两军阵前斩杀，也可激励士气，便道：“好吧，先把他押下去，严加看管。”杨麒象死狗一样被拖了出去，丢进了大牢，暂时保住了性命，林
瑞在杨麒拖下去后，忧心忡忡，以前敌人再多，有后方源源不断的支援，依靠完善的城防，他从没怀疑敌人可以从他手中攻下关隘。可现在敌人从后方来，嘉峪关再险，没有了补给也只会活活困死，何况嘉峪关主要是防备外面的游牧民族，面对后方来的袭击，却并非那么牢不可破，林
瑞只得吩咐所有人加紧修建防御工事，随时准备
战来犯的唐军。可他们等来的却不是唐军，竟然还是蒙古人的侵袭，崇祯八年的六月，原林丹汗的手下大将贵英率军一万人再次进犯嘉峪关。
林丹自从被皇太极击败后，率众十余万人逃亡，到达青海后，尚有二万精锐战士，林丹还想依靠这两万战士东山再起，为了能够笼络住人心，他只得向嘉峪关进攻，可是面对这天下第一雄关，林丹只能损兵折将，眼看部众越来越少，再也没有机会向他的大敌皇太极寻仇了，林丹一病不起，丢下了他重建大蒙古的希望，撒手而归。
林丹的部众由他手下大将贵英接管，此时离林丹逃到青海已有两年了，他们以前带过去的各种
用品早已用完，其它东西尚可忍受，唯有盐茶两项不可或缺，没有茶叶，肚里的油腻不能去除，长期会造成便秘，拉稀，没有盐，会变得手软脚软，全身都没有力气。但嘉峪关的可怕已让蒙古人有了恐惧心里，林丹汗数次率军也没有攻下，他们更不敢造次，他们只能依靠走私贩子运来的少量盐茶苦苦支撑，到现在再也支撑不下去，没有这两样东西，他们只能慢慢等死，那还不如博一把，能死在马背上也算死得其所。
林
瑞率军登上了十余米高的城楼，嘉峪关城由内城、外城、城壕三道防线成重叠藏之势，壁垒森严，与长城连为一体，形成五里一燧，十里一墩，三十里一堡，一百里一城的军事防御体系。现在关城以内城为主，以黄土夯筑而成，西侧以砖包墙，雄伟坚固。内城开东西两门，东为“光化门”意为紫气东升，光华普照；西为“柔远门”意为以怀柔而致远，安定西陲。门台上建有三层歇山顶式建筑。东西门各有一瓮城围护，西门外有一罗城，与外城南北墙相连，有“嘉峪关”门通往关外，上建嘉峪关楼。嘉峪关内城墙上还建有箭楼、敌楼、角楼、阁楼、闸门楼共十四座，整个建筑布局
巧，气势雄浑。登上关楼远眺，长城似游龙浮动于浩翰沙海，若断若续，忽隐忽现。
上风光，奇特景
，尽收眼底，可城下万余名蒙古士兵的呼呵声却给这美丽的景凭添了无数的杀气。城下的蒙古人已开始进攻了，他们一部分人下马，扛着简陋的云梯就往上爬，其他的蒙古人一边骑马飞奔，一边取箭向城楼攒
，城楼的明军也开始了猛烈的还击，箭象雨点般向蒙古人落去，在蒙古人中间溅起了一阵阵血雨。相反，蒙古人的箭支对明军却没有什么伤害，箭楼太高了，蒙古人的箭飞到明军跟前时，箭的力道已尽，明军用刀稍微一拔就可以打落，只有一些特别力大的蒙古人用的强弓可以给明军造成伤害。城墙上的滚石也开始往下砸去，蒙古人所做的云梯甚是
糙，只要多被几块石头砸到就会散架，不过，现在的石头大多数砸在爬墙的蒙古人身上，一个个脑浆迸裂，有的连惨叫声都没发出，一声不吭倒了下去。败快城下就倒下了数百具蒙古人的尸体，蒙古人却象发疯了似的，一点也不在意伤亡，反而加大了攻击力度，又有一批制造
糙的云梯搭上了城墙，城下密密麻麻的挤了蒙古人，明军毫不客气，箭支，石头，火油一刻不停的往下倾倒，火油倒在蒙古人的身上，让他们痛的哇哇狂叫，随即被明军抛下的火把点燃，沾到油的蒙古人立马变成了一个个火球，在地上滚来滚去，妄图把火扑灭，却只能图劳无功，很快火焰
没了他们的全身，还有很多云梯也被点燃，城下成了一片火海。这种打击挫伤了蒙古人的勇气，何况城下一片大火，也不利于进攻，蒙古人终于撤退，留下了一千多具尸体，城楼上的明军也累得坐了下来，刚才蒙古人的进攻太猛烈，所有人都拼命向城下丢东西，此时蒙古人退后，他们才感到了累。
蒙古人半天就遗尸一千多具，这种攻击强度只有第一次林丹率军两万多人时才有，现在他们只有一万来人，一次就死了十分之一，还一点退意也没有，看来他们这次是要拼命了，林
瑞吩咐士兵好好看守后，和郭天吉一起回到将军府，等火焰熄了下去，天就要黑了，今天蒙古人是暂时不会攻击。外有强敌，内无援兵，还有另一强敌在挥眈眈，嘉峪关此时已到生死关头的时候，若是一个处理不好，嘉峪关就要面临着建成以来一百年首次破城的记录，返回了将军府，林
瑞向郭天吉问道：“城内粮草可有短缺。”冰天吉道：“大人放心，城内粮草足够三月所需，只是守城用的火油有所缺泛，若以今天的强度来看，只要再用两次就没有了。”
别油是守城最有用的武器，没有了火油守城再也不会象今天这样轻松，林
瑞毫无表情，问道：“那其它物质缺不缺。”冰天吉道：“箭支尚有四万余支，兵器刀
有六千余把，足够将士们使用。”林
瑞点了点头，再也不说话，郭天吉几次张口
言，还是没有说什么，见林瑞在沉思，道：“若大人没有其它吩咐，属下告退了。”林
瑞道：“好，吩咐大家晚上加紧戒备，防止蒙古人晚上摸城。”冰天吉应了一声：“是。”退了下去。郭天吉本来有太多话要问，就算打退了蒙古人的这次进攻，唐军要是再来怎么办，或者还没有打退蒙古人的进攻，唐军就来了怎么办，唐军就是不来，三个月的粮草吃完，又何去可从，但他还是没有问出来。
天一黑，城下的大火已经熄灭，蒙古人一改以往夜里不攻城的习惯，摸黑强攻起来，明军在黑夜，准头大失，竟然有几处让蒙古人悄悄爬了上来，虽然上来的蒙古人马上被明军杀死，但蒙古人却大受鼓舞，更加疯狂起来，整整一夜，明军都没有得到休息。
第二天，蒙古人刚刚退下不久，又开始了进攻，这次从早到晚蒙古人进攻了一天，又在城下丢下了一千多具尸体，天黑了才退下，若是往常，蒙古人受损这么严重，早就退兵了，可是蒙古人就在城下生起火来，一点要离去的迹象也没有。
晚上，蒙古人趁着黑夜，悄悄的靠近了城墙，被明军发现后，干脆又开始了强攻，到了第六天，明军的火油早已用完了，蒙古人经过五天舍生忘死的进攻，这天的攻势依然未减，他们脸上一片峥狞，向城墙扑了过来，明军大部分人都已五天没有合眼了，手里的刀都举不起来，眼皮一直在打架，蒙古人也双眼血红，他们毕竟人多，又是攻城一方，可以轮
休息，状态要比明军好一点，但要爬墙，损失了更多的体力，刚好和明军拉平。已有蒙古人爬上了城墙，双方在城墙上举着刀摇摇蔽晃的拼杀，就象两个醉汉在打架，林
瑞将他将军府中的所有护卫派了上去，堪堪将城守住，到了天黑，蒙古人终于受不了，许多爬墙的蒙古人爬着爬着，没有受到明军任何打击，就直接栽了下去。贵英睁着血红的双眼还在大喊：“杀，杀。”他的部下将他扶了下去，一到帐篷就倒地睡了下去，贵英作为主帅，五天五夜照样没有合眼，蒙人终于退了下去，双方虽然都是疲累已极，但蒙人要爬十多米的高墙太过吃亏，若还要打下去，上面就是没有明军也不知有几个人能爬上去。
见蒙古人退下去，明军也都一头倒下，躺在城墙上就呼呼大睡，再怎么叫也叫不醒，林
瑞站在城头，仿佛成了一尊塑像，得知蒙人连夜攻城，他跑上城墙就一直站在那里，五天来甚至位置都没有换，一直鼓舞着官军的斗志。他的亲兵走了上来，摇了摇他，道：“大人，蒙古人也累得不行，短时间不会再攻了，可以休息一下。”
林
瑞好象才反应过来：“哦，是吗。”直
的倒了下去，亲兵吓了一大跳，摸了一下他的鼻息才知道他睡着了。