枢政院除设立八部主要政务部门外，还设有具体事务机构：大理寺、国家货币钱庄、都司寺。
大理寺，掌邦国折狱详刑之事，主要职责是专门审核天下刑名，凡罪有出入者，依律照驳；事有冤枉者，推情详明，务必刑归有罪，不陷无辜。设寺卿一人，少卿二人。下设大理丞六人，掌分判寺事，正刑之轻重。大理正二人，根据刑律科条参议用刑之轻重，若大理丞断罪不当，则以法正之。此外，又有主簿二人，掌大理寺之印章，凡官吏抵罪及雪免，皆立簿籍。
国家货币钱庄，掌国家金、银、铜矿的开采、冶炼，负责国家货币的铸造、发行，负责货币存储，有利借贷。设庄卿一人，少卿二人。
都司寺，掌全国治安，负责侦缉盗贼，抓捕违法，主要维护都城的正常秩序。
改军府为枢军院，枢军院为最高军政机关，负责战略谋划、处理日常事务，招募、训练军队，武器装备生产、后勤保障、预备役组织等事，设枢军相一人、副相二人。
枢军院下设兵部、参谋部、后勤部、军训部、军工部五部、各部设总长一人，副总长二人。
兵部，掌管全国军职将官的任免、考课、爵封、升降、调动、备案，军队编制、兵员统计等事。
规定将领的选授制度是：各部副总长以上将官、军情处统领，各军团副军团长以上级别的将领由国王亲自选授；副师团长以上级别将领由军团长提名，枢军院考核，报呈吴嫣督相亲自面试，最后呈国王御批；大队长以上师团长以下各级将领由军团长提名，枢军院考核任命；大队长以下将领军团长可以直接任命，报枢军院兵部备案。
除兵部外，其余各部与军府时职能没有变化。
军机阁，负责决策和审议军事政务，专议征伐军机大事，军队调动、对外发动战争皆决于军机阁会议。军机阁由凌云志，三督相、枢军相、副相、枢军院各部总长、枢政院宰相，左、右二相、户部尚书、监察御史府总监察御史、内府总理、各军团长、海军军部总长、密营统领组成。
成立
卫军，下设两个师团，负责守卫都城。监察御史府，为全国最高监察机关。掌以刑法典章，纠正百官之罪恶，谏议于王，独立于各院府之外，独立行使职权。设总监察御史一人，御史大夫二人。
监察御史府下设六司，为纠举弹劾司、推鞠狱讼司、观风司、比部司、礼纪司、谏议司。
纠举弹劾司，掌纠正百官罪恶之责，设监察御史五人。
推鞠狱讼司，掌被告发官员的审理，监督大理寺、刑部的狱讼。设御史中丞七人。
观风司，掌察各郡、县官员，观各地民风民俗。设监察御史十一人。
比部司，掌国家财政的审计与稽核职能，纠察两院一府出纳诸事，设监察御史七人。
礼纪司，负责纠察殿廷供奉仪式，军纪军貌诸事，设监察御史十一人。
谏议司，掌论议设谏国王纠错之责，设谏议大夫三人。
规定监察御史府纠举弹劾官员时，必须查有实证，有理有据方可纠举弹劾。其官员由国王亲自选授。
成立蓟城府，负责管理整个都城。
两院一府改组完成以后，凌云志随即任命了各院府的主要官员。
枢政院宰相苏焕、右相淡颜、左相苏秦，吏部尚书单延方、户部尚书萧会、礼部尚书欧
丁、刑部尚书施英、工部尚书翟方、农部尚书伊寅、教部尚书南宫
、商部尚书马义山，大理寺卿席季、国家货币钱庄卿殴殳、都司寺卿冷易显；枢军院军相江子奇，右相姚子鱼，左相滕毅，兵部总长由姚子鱼兼任，参谋部总长由江子奇兼任、后勤部总长梅盛、军训部总长由滕毅兼任、军工部总长管通，
卫军统领阙东；监察御史府总监察御史韦啸。其余官员一一进行了任命。
蓟城府太守由萧会兼任。
这次任命中，凌云志最得意地弟子之一，凌云乡学最优秀的学员，为人足智多谋、沉稳的冷易显得到了破格提拔，成为冷家村那批学员中的佼佼者。
由于单延方改任吏部尚书，开发较早、比较富庶的辽东郡守一职顿时成了热门，因那里的地理位置非常重要，凌云志酝酿多时，才宣布了任命，在顾郡经济发展中表现突出的奚严调任辽东郡守。
萧兰被任命为顾郡郡守，则出乎了很多人的预料，女
出任地方长官这在当时还是首例。凌云志当时征求几位重臣的意见时，大家一片愕然，萧兰的能力自然是没得说，只是顾郡地接中山国，属于战略要地，按常理应该派去一位懂军事、执政强硬一些的大臣前去担任郡守才正常，主公却出人意料地派去了一位女
郡守，不由引起他们一阵沉思。“主公圣明，微臣懂了，妙计。”淡颜最先反应过来，眼里闪过睿智，淡雅笑道。
苏焕、江子奇对后也
出了恍然的神色，微微一笑，韦啸和董先良就有些不懂了，不向淡颜看去。凌云志赞许地看了淡颜一眼，笑道：“淡爱卿，不妨说说，为何妙。”
淡颜笑道：“因为去岁顾郡刚刚收服的原因，所以奚严采取的是高
政策，虽然一时颇见成效，经济不但得以恢复，而且取得了长足发展。不过，常言道，物极必反，高政策可以使用一时，但不可使用时间过长，否则必定会引来抵触反抗的情绪，这时候主公派去一位女担任郡守，正是要平息高政策所产生的后遗症，怀柔政策正其时也。安抚顾郡只是好处之一，对外我们则向中山国、赵国摆出了一个和平的姿态，表示出了我国无意西进的诚意。这样，就为我们下一步的战略转移打下了一个良好的基础。”韦啸和董先良马上也明白了主公的意图，未来国家的战略重点将转向
外了。